距离前作《DE・JA》已经过去了两年，龙介因为揭穿日向雷造的阴谋声名大噪，只是和嘎查子依然处于拉扯阶段，没有正式交往。
日向死后，考古学会的新会长岛流为了复兴学会，积极地拉拢龙介加入，并给他安排了经纪人菊地管理行程。
某天，一个古怪的老头拜访了龙介的研究室，老头的真实身份竟然是龙介的偶像——二十年前失踪的考古学家神宫寺博士！
神宫寺博士失踪的二十年间一直在研究水晶头骨，据说这是与人类未来息息相关的宝物，博士深感自己年事已高，想把研究托付给龙介，希望龙介能和自己的女儿卑弥呼一起解开水晶头骨之谜。
可当龙介来到博士的公寓时，发现他已经因心肌梗塞去世。博士死后，卑弥呼才姗姗来迟，她在小时候就被送给榊原家收养，不久前才和博士取得联系，对水晶头骨的事一无所知。
龙介决定继承博士的遗志，和卑弥呼一起解开水晶头骨之谜。凭借在博士身上找到的银行钥匙和卑弥呼的签名，两人在银行里取出了博士藏起来的水晶头骨。
龙介靠着博士留下的些许线索调查水晶头骨的秘密，卑弥呼则去处理博士的后事。龙介调查过程中，偶遇了两年前结识的警察健三郎，他已经辞职，和美女侦探如月凉子一起经营着一间侦探事务所。
从健三郎和凉子口中，龙介得知最近发生了几起离奇的案件，先是有全裸男人在深夜跳楼自杀，然后是河滩上发现了年轻女人的无头尸体，两者的身份都还没有判明。
神宫寺博士的遗物中提到水晶头骨与帕劳遗迹中挖掘出的石板有关，这三块石板正存放在美术馆里，于是时隔两年，龙介再次光临美术馆，馆长和导游都已经换了人。
三块石碑都出土自帕劳的卡尔迪克岛，龙介认为只有去那里才能解开水晶头骨之谜，想约嘎查子一起前往卡尔迪克岛。但是因为龙介和卑弥呼太过亲近让嘎查子吃醋，再加上暗恋嘎查子的健治在其中搅局，两人陷入冷战。刚搬到龙介家附近的邻居老头威利神秘兮兮地提醒龙介，卑弥呼和他并不适合。
虽然龙介给嘎查子发了邀请，却一直没受到回信，出发当天，龙介在机场没等到嘎查子，来的人是全副武装的卑弥呼，无奈之下只能将错就错和卑弥呼一起去卡尔迪克岛。
起飞时，龙介在边上欢呼的人群中看见了举横幅骂自己的嘎查子…
（这作和《el》一样在背景中塞了不少彩蛋）
在卡尔迪克岛上迎接两人的是当地向导巴尼，在巴尼的指引下，龙介来到遗迹神殿中。可不知为何，龙介一进入神殿思维就混乱起来，他感觉神殿还没有承认自己，只能草草结束调查。
离开神殿后，巴尼将他们带到了岛上的酒店里，酒店饥渴的老板娘凯瑟琳暗示龙介要不要跟自己来一发，思维出于混沌状态的龙介竟然没有反应。
反倒是卑弥呼趁虚而入，与龙介发生了关系。
回到日本的龙介想找之前帮助过自己的新宿之父求助，让他占卜一下，但此时新宿之父已经退休，接班的徒弟两两修行不足，只能靠推出「欧派占卜」之类的擦边活动吸引顾客。
两两占卜不了水晶头骨，反倒是算出龙介和卑弥呼之间的相性不合。龙介和气急败坏的卑弥呼离开时，遇到了嘎查子的好友香织，此时的香织已经成年，正在风俗店打工，她强烈推荐龙介去店里体验一下。
在风俗店里，香织和同事告诉龙介，半年前卑弥呼曾和一个粗野的男人一起来到这家店里消费。
龙介不敢相信，但在嘎查子的无意启发下，他发现神宫寺博士写的信中留下了「卑弥呼是冒牌货」的暗号。等龙介和嘎查子赶到卑弥呼家时，这里已经人去楼空，一番查找后，两人在衣柜里发现了冒牌卑弥呼被勒死的尸体！
如果这个卑弥呼是冒牌货，那真的卑弥呼在哪儿呢？抱着这样的想法，龙介拜访了收养卑弥呼的榊原家，从卑弥呼养母的口中得知她失踪了，养母拿出的照片上的人才是真正的卑弥呼，果然和冒牌货一点都不像。
真的卑弥呼胸口有一块胎记，想到无头女尸胸口被挖掉了一块，龙介不禁怀疑女尸的身份就是卑弥呼。在拜托凉子与健三郎确认后，龙介确定自己的猜测无误。
那么之前跳楼的全裸男尸就是神宫寺博士了，凶手一定是为了得到水晶头骨的秘密才杀了神宫寺父女，还派人冒充卑弥呼跟着龙介，幕后黑手的真身极有可能是香织见到的和假卑弥呼在一起的男人！
为了尽快解开谜题阻止凶手，龙介和嘎查子再次拜访卡尔迪克岛上的神殿，这次龙介解开了机关，发现了通往底下的暗道。
在暗室里，龙介找到了古代帕劳人留下的石板，上面竟然记载着未来会爆发核战争的预言。同时找到的还有二十年前神宫寺博士留下的一封信，信上记录着当时博士和另一个人来到此处，发现了两个水晶头骨，可是博士察觉到对方不安好心，便提议一人拿一个头骨离开，之后博士就隐姓埋名，一边躲避对方一遍研究水晶头骨之谜，而和博士一起的那个人的名字是——日向雷造！
龙介这才想起，香织口中的男人样貌和日向雷造完全吻合，可是两年前就死掉的日向不可能在半年前出现，线索再次中断。
龙介认为，只要将美术馆里的三块石板和两个头骨都带到神殿里就能解开水晶头骨之谜，于是返回日本进行准备。
石板方面十分顺利，美术馆馆长曾是新宿之父的徒弟，龙介让新宿之父狠狠骂了馆长一顿后，他连夜派人将石板运回了神殿。
而另一个水晶头骨在日向遗孀的手上，非常难缠。一开始，日向的老婆坚决不肯搭理仇人龙介，但不久后她态度突变，干脆利落地交出了另一个头骨。
龙介和嘎查子疑惑时，经纪人菊地跳出来解释是他做的，原来日向死前出了不少书，版税都归考古学会，菊地威胁日向老婆如果不交出头骨就克扣分给她的版税…
就这样，龙介、嘎查子和菊地三人一起前往卡尔迪克岛。在神殿里安置好石板和头骨后，空中出现了光柱，其中显现出了附近的无人岛上森林的景象。
巴尼开着直升机把三人带到了无人岛，在森林深处找到了另一座遗迹，解开内部的机关，龙介得到了第三个水晶头骨。
三个头骨一齐放置在石板上时，神殿的机关启动，出现了通往顶端的台阶。
台阶顶部是三具没有头的雕像，将头骨放置上去后，一段影像凭空出现。那是几万年前的帕劳王留下的影像。
几万年前，一个外星人因为陨石撞击飞船降临在帕劳，当地的原始部落将他作为神崇拜，外星人就是后来的帕劳王。
与当地的女子结合生下后代之后，帕劳王制造了时间机器前往未来查看子孙们的生活环境。
然而，人类的未来充满了战争与杀戮，直到最后一场核战争将所有人类彻底毁灭。
对此深感失望的帕劳王只能下令将时间机器封印在神殿里，等待未来有人能正确使用它。
正当龙介和嘎查子为水晶头骨的秘密而震惊时，幕后黑手突然跳了出来，他就是日向雷造的儿子——日向金造！
日向金造一直在海外留学，所以逃过了学会对日向家的清算，他现在回到日本就是为了找龙介报仇并重新夺取会长之位。
菊地也露出了真面目，他是日向金造的同伙，一直在监视着龙介！当神宫寺博士来找龙介时菊地立刻通知了日向，随后日向绑架了博士要求他协助自己，可博士却在留下一封写给龙介的信后突发心肌梗塞死亡。
日向想到可以利用龙介解谜然后夺取成果，于是让菊地绑架了卑弥呼并先奸后杀，再让自己的情人丽子假扮卑弥呼接近龙介。
可是没想到丽子真的爱上了龙介，还想将他们的计划告诉龙介，菊地只好将她灭口。
菊地说完准备杀死龙介时，日向突然黑吃黑，一枪干掉了菊地，原来他看菊地太肆意妄为便决定抛弃他。
就在日向要动手时，巴尼突然找了过来。日向一时分心被龙介打飞了枪。
计划失败，日向打算带着头骨逃跑，但在和龙介打斗时被时间机器吸入消失了，嘎查子送给龙介的定情信物项链也被卷入了时间机器一起消失。
看见日向消失后，巴尼也揭晓了真实身份，他就是龙介的邻居威利，是从未来搭乘时间机器回到过去帮助龙介的，现在他的任务完成要回去了。
巴尼消失后留下了一张照片，照片上龙介和嘎查子抱着小时候的巴尼，原来他是龙介和嘎查子未来的儿子。
几个月后，龙介和嘎查子在美术馆约会时发现了刚出土的壁画，壁画上是日向抱着三个头骨的样子，壁画上说日向穿越回古代成为了著名的暴君，在死后依然被人们鞭尸，同时出土的还有那条穿越时空的项链。
故事就在龙介和嘎查子的婚礼中留下帷幕。
与《DE?JA》相比，《DE?JA 2》的剧情要复杂不少，龙介在追查水晶头骨之谜的过程中不仅有日向一方的阻挠，还要处理好和嘎查子之间摇摇欲坠的感情。
前者蛭田?人交出了一份非常精彩的答卷，不仅有两个潜伏的间谍在旁虎视眈眈，还有一个隐藏极深的幕后黑手在推波助澜，这三个人物在前期就已经全部出现，刚登场时的一言一行都是伏笔，为后来的反转做铺垫。日向金造出场时是考古学会的保安，方便掌握学会的行动；
菊地一开始的形象是老好人和受气包，但他的抽屉里藏着许多偷拍的照片与SM杂志，等到身份揭穿时气质也变得非常暴虐；假卑弥呼在酒店里对龙介的真情流露和两两对她的预言处处透露着即将便当的气息；新邻居威利和向导巴尼的种种怪异之处在最后也有了合理解释。
开头的两起无面尸也与主线有着莫大的关系，并在最终真相解开前就被破解，揭开一个谜题后又抛出一个新的谜题，蛭田就这样巧妙引导着玩家，让这个更严肃的故事有了比搞笑性质的前作更优良的观感。
大结局时因为外星人的梗前作已经玩过，所以帕劳王身份揭晓时的震撼不如金月女王现身，但结尾处帕劳王穿越时间见证人类历史上战争后选择将时间机器留给未来人的立意与带来的思考是要超过一代的，龙介的儿子穿越回来帮助父亲也呼应了帕劳王对后代的希冀。
在龙介与嘎查子的感情方面，本作就比较敷衍了，整个过程先是龙介沾花惹草->嘎查子吃醋->健治跑出来挖墙脚->龙介emo，这个阶段没问题，有问题的是龙介emo后接着是「嘎查子自己相通了」，然后又是齐心协力地调查，这个转变非常生硬，龙介既没有反省也没有补偿，是嘎查子自己体谅了龙介，感觉十分别扭，让龙介像个渣男，嘎查子像被pua的恋爱脑。
不过本作也考虑到了要让龙介改变一下好色的形象，游戏里登场的美女角色并不少，但唯一一个真的和龙介h的只有假卑弥呼，两两的邀请可以拒绝。
其他的女角色，像是学会的接待员麻子和香织的hs只是龙介做的一场春梦。
（不过麻子有和会长的hs）
其他戏份多的漂亮女角色，比如侦探凉子和老板娘凯瑟琳干脆连想象的hs都没有，和一代比已经算得上是纯爱了。
只是，为什么正妻嘎查子的所有hs都是只蹭蹭不进去呢，疑惑？
（ps.《同级生2》男主角龙之介称自己的父亲是考古学家，有推测说他就是龙介与嘎查子的儿子，看看就好，毕竟龙之介设定是母亲早逝）
综上：
《DE?JA 2》
关键词：elf、考古、悬疑、解谜、冒险
剧情：9（更多的谜团、更精彩的反转、更深远的立意）
人设：8（配角比一代更加有趣，但是两个主角反而有所倒退）
声优：7（延续了一代配音水平，反派日向金造的声优依然是茶风林，比脸更能体现父子关系的是腔调不同但都很恶心的说话方式）
音乐：7（和一代差不多）
画面：4（依然是很老的画风，角色h时的表情非常奇怪，最好看的是这个只出场一会儿的雌小鬼）
工口：1（hcg质量下降了，而且h时要手动点击）
猎奇：2（尸体场面比前作猎奇多了）
鬼畜：1（停留在反派的回忆和口嗨里）
系统：6（在前作基础上多了点新功能）
游戏性：4（多了点交互的新玩法）
个人喜好度：8
综合评分：9
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