男主小时候和朋友戴着面具跑出过地表,那时一堆怪物包围了他们,然后黑怪救了男主,并和他精神沟通。而长大后男主却记不清这件事。游戏开头就是猎人来到男主车站,然后黑怪袭击了车站守卫,猎人独自前去狩猎,交给男主他的游骑兵护符,说如果他明天没回来,就去波利斯请求援助。在前去路上遇到整个世界观最神秘的人可汗。在地铁世界里存在超自然现象,比如诅咒的地铁,里面有会动的骷髅,没有电力却会响的电话,接了还有人声传出。而可汗非常擅长这些。之后到了波利斯,经过大会讨论不给予男主帮助。这时还不是岳父的米勒就帮助男主说去地表的图书馆找到D6的图纸。找到后主角拿出里面存放的导弹,在电视楼塔顶架设激光消灭了黑怪。但第二作可汗说他发现了一只小黑怪,并说黑怪可能是人类的希望。但米勒认为应该杀死,主角被派遣前去进行。之后男主被小黑怪精神干扰晕过去第四帝国意外捕获两人。逃出之后又被狱友背叛,只能设法逃出。之后和可汗继续追寻黑怪,当找到后他并不想杀死黑怪,并且他能和黑怪正常沟通。才得知黑怪精神共享,所以他们都知道男主是谁。黑怪袭击人类其实是为了沟通。和黑怪逃回D6后发现还有少部分黑怪睡于D6当中。
这时红线和第四帝国早已得知游骑兵占领D6,想让游骑兵把D6让出。并大肆宣传D6有数不尽的食物与药品。但D6是个军事基地期内只有大量的生化武器和大威力武器(有叛徒曾偷过生化武器给红线,并在其他车站实验)本想以此要挟游骑兵。
但黑怪能用精神沟通使人类说出心中的秘密,男主就和黑怪交易,你帮我揭穿我就帮你复苏同族。揭穿后在波利斯大会上红线领导人说来不及了,其士兵已经开始行动占领D6了。之后主角与游骑兵拼死奋战以一敌五,可汗也与游骑兵奋战。但最后一列火车直接撞晕主角。这里就能抉择结局如果你善良点够,黑怪就会在你启动自爆之前阻止你并控制红线的人,不够就会自爆全员牺牲。官方游戏结局时黑怪帮忙
草,我写了好大一段