问题一，在大规模宇宙舰队战中，在两方部队还在远程对轰阶段时，MS部队是在战舰内等待出发，还是提前出击在战舰外布阵？（待在战舰里似乎会和战舰一起陪葬，跑出去又会被密集的弹幕波及到）
首先我信仰人形机体的浪漫，但是不赞同未来战争中会有MS之类机构复杂的战斗载具存在。然后，一般来说，假设未来战争还存在一线人类战斗兵员并驾驶小型机体参与战斗。那么毫无疑问地，他们依然会负责今天战机所类似的智能，夺取制空权。所以，他们必须要在进入接敌范围后立刻起飞，甚至在范围外起飞。
关于你的问题：1，yes，战舰里肯定会被秒爆，那么造他们出来干嘛？2，No，假设未来的宇宙战和现在的海战差别不大，假设未来的舰炮火控系统依然是以大型舰为目标，那么弹幕不可能完全地覆盖小型机体。话说回来，就算炮火猛烈，共军步兵该冲还是要冲的。
问题二，如果MS部队在远程交火阶段就已经在战舰外布阵，那么MS如何抵挡战舰级的炮火攻击？（躲在战舰后面？还是躲在舰队外侧？）
做高速规避飞行啊。你得这么想，制空权无非是干掉母舰或者干掉敌方战机。如果敌人可以用炮火秒了你全部的战机，那么在科技相当的情况下，你也能秒他全部的战机。那么还要小型机体做咩啊？直接炮舰对轰就完了。如果小型机体存在的话，那么说明制空权还是需要这些小家伙搞定。那就不要考虑战机硬抗主炮一发这种事，看谁躲得快就完了。
问题三，在大量干扰因素下，电子通讯设备大部分受到干扰的情况下，宇宙舰队的指挥官如何进行部队调度和指挥？（信号灯？但是在激光到处飞的宇宙战场信号灯似乎也会受到不小的干扰。）
量子通讯！
好吧、好吧。首先在真实战斗的时候，发布的命令其实并没有那么频繁。其次，电子战的水平从来是矛与盾互相发展的过程，你有干扰无线电，我有抗干扰。我相信未来肯定有足够的抗干扰科技可以解决你的问题。
问题四，当两方部队进入混战后，如何将己方误伤降到最少（我说的是激光类武器，导弹什么的似乎不存在这种问题）
不可能……
最多有一些高科技的信息联动装置，类似于蝗虫的导航功能，尽可能地避开流弹路径。其他能做的真不多，无非是停止炮火洗地这种愚蠢的行为……
问题五，在宇宙战中，舰队如何撤退？（在大部分舰队都拥挤在一小片区域内时，似乎战舰的掉头转身是属于自杀吧？）
和现在海战差不多，用转向和机动甩开敌人。利用地形。或者安排一支部队断后。
然后，如果你的舰队和敌人的舰队混在一小块区域的话……那就别想撤离了，打吧。谁赢了都是惨胜。
